Cấp, cấp lại giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện sản xuất thức ăn thủy sản, sản phẩm xử lý môi trường nuôi trồng thủy sản (trừ nhà đầu tư nước ngoài, tổ chức kinh tế có vốn đầu tư nước ngoài)

Cấp, cấp lại giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện sản xuất, ương dưỡng giống thuỷ sản (trừ cơ sở sản xuất, ương dưỡng giống thủy sản bố mẹ, cơ sở sản xuất, ương dưỡng đồng thời giống thủy sản bố mẹ và giống thủy sản không phải là giống thủy sản bố mẹ)

Cấp, cấp lại Giấy chứng nhận nguồn gốc thủy sản khai thác (theo yêu cầu)

Cấp, cấp lại giấy phép khai thác thủy sản

Cấp, cấp lại giấy phép nuôi trồng thủy sản trên biển cho tổ chức, cá nhân Việt Nam (đối với khu vực biển ngoài 06 hải lý, khu vực biển giáp ranh giữa các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương, khu vực biển nằm đồng thời trong và ngoài 06 hải lý)

Cấp, cấp lại giấy xác nhận đăng ký nuôi trồng thủy sản lồng bè, đối tượng thủy sản nuôi chủ lực

Cấp Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện đăng kiểm tàu cá

Cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện nuôi trồng thủy sản (theo yêu cầu)

Cấp giấy chứng nhận đăng ký tạm thời tàu cá

Cấp giấy chứng nhận đăng ký tàu cá

Cấp giấy phép nhập khẩu tàu cá

Cấp lại Giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện đăng kiểm tàu cá

Cấp lại giấy chứng nhận đăng ký tàu cá

Cấp phép nhập khẩu giống thủy sản không có tên trong Danh mục loài thuỷ sản được phép kinh doanh tại Việt Nam để nghiên cứu khoa học, trưng bày tại hội chợ, triển lãm

Cấp phép nhập khẩu thức ăn thủy sản, sản phẩm xử lý môi trường nuôi trồng thủy sản để nghiên cứu khoa học, trưng bày tại hội chợ, triển lãm